Ту-95МС входят в состав воздушной компоненты ядерной триады. Они предназначены для решения ударных задач по поражению наиболее важных целей в удаленных районах и в глубоком тылу континентальных театров военных действий.
В настоящее время реализуется программа модернизации самолетов, выпускавшихся с 1979 по 1992 годы. В процессе капремонта на Ту-95МС меняют радиолокационную станцию «Обзор-МС» на «Новеллу-НВ», устанавливают новую систему отображения информации «СОИ-021» и модернизированный бортовой комплекс обороны «Метеор-НМ2».